Skólahald á Egilsstöðum hófst árið 1945, þá í samstarfi við Vallahrepp. Aldur skólans er miðaður við árið 1947, en þá var þéttbýlið Egilsstaðir stofnað með lögum frá Alþingi. Þá voru íbúar 110 talsins. Kennt var í heimahúsi allt til ársins 1957, þegar nýtt skólahús var vígt og tekið í notkun, en bygging hafði hafist ári áður. Árið 1957 gengu 45 nemendur í nýjan Egilsstaðaskóla sem enn er hluti af byggingu skólans. Byggt var jafnt og þétt við skólann eftir því sem árin liðu og nemendum fjölgaði. Egilsstaðaskóli hét um tíma Grunnskólinn Egilsstöðum og Eiðum, en sú eining varð til við sameiningu Barnaskólans á Eiðum og Egilsstaðaskóla árið 1999. Tveimur yngstu árgöngum skólans var á þeim tíma kennt á Eiðum en eldri nemendum á Egilsstöðum. Haustið 2009 var tekin í notkun ný viðbygging við Egilsstaðaskóla og eldra húsnæði jafnframt endurgert að mestu. Skólinn varð þá með aðeins eina starfsstöð á Egilsstöðum. Veturinn 2014-2015 var Hallormsstaðaskóli deild í Egilsstaðaskóla, en nemendum við Hallormsstaðaskóla hafði þá fækkað hratt. Deildin á Hallormsstað var lögð niður vorið 2015 og skólahverfið sameinað Egilsstöðum.
Skólastjórar Egilsstaðaskóla:
1956-1967 Þórður Benediktsson
1967-1972 Sigurjón Fjeldsted
1972-1986 Ólafur Guðmundsson
1986-1989 Helgi Halldórsson
1989-1990 Sigurlaug Jónasdóttir
1991-1994 Helgi Halldórsson
1994-1998 Sigurlaug Jónasdóttir
1998-2001 Helgi Halldórsson
2001-2005 Börkur Vígþórsson
2005-2006 Sigurlaug Jónasdóttir
2006-2007 Róbert Gunnarsson
2007-2016 Sigurlaug Jónasdóttir
2016 - 2022 Ruth Magnúsdóttir
Frá 2022 Kristín Guðlaug Magnúsdóttir
Upplýsingum um skólastarfið er miðlað með ýmsum hætti. Skólinn heldur úti heimasíðu (
www.egilsstadaskoli.is) á síðunni er hægt að ganga að öllum almennum upplýsingum um skólann og skólastarfið, auk mynda og frétta úr skólastarfinu.